影片讲述了明朝中叶，因各地州府无法估计军粮上缴的损耗，只能携带空白行文，在军粮入库后，补录具体数额，直到战事忽起，惊现军粮亏空，皇帝龙颜大怒，决定彻查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙奉命追查，以季同归为首的六扇门四大名捕一路追查，在越来越接近真相的同时，反被诬陷，陷入危机之中。在危难之际，侠盗闻人越出手相助，并成功协助六扇门四大名捕解开一连串的阴谋诡计的故事。